Les facultés de théologie et universités confessionnelles

Les facultés de théologie sont présentes dans plusieurs universités publiques. Il existe des facultés de théologie catholiques romaines, protestantes, orthodoxes et gréco-catholiques. On trouve également des instituts de théologie et des séminaires ecclésiastiques. La missio canonica (autorisation canonique) est la condition préalable nécessaire pour enseigner dans ces institutions. Les directives internes des facultés de théologie et des universités confessionnelles sont approuvées par un conseil d’université, après avoir été soumises par les Eglises ou communautés religieuses concernées. La loi sur les universités n° 131/2002 précise quels articles s’appliquent de façon "proportionnelle" aux universités confessionnelles et aux facultés de théologie. 22 articles sont concernés. Ils concernent les droits et libertés académiques, la création de facultés, les organes de la direction universitaire autonome et leurs compétences, les recteurs, les doyens, les conditions d’entrée et la discipline, les droits et devoirs des étudiants et des enseignants, les compétences des comités scientifique et universitaire et du comité administratif de l’université publique.
En 2000, l’Eglise catholique a créé une université catholique à Ružomberok. L’Etat participe à ses dépenses de fonctionnement. L’université catholique dispose d’une faculté des arts, d’une faculté de théologie (à Košice) et d’une faculté de pédagogie.
Il existe par ailleurs dans les villes universitaires des aumôneries destinées aux étudiants, leur statut légal est soumis à l’Eglise catholique ; les autres Eglises nomment généralement des aumôniers étudiants pour remplir les devoirs pastoraux auprès des étudiants.